Obszar na którym znajduje się obecnie szpital jeszcze w XIX wieku był piaskowym nieużytkiem. Dopiero w 2 połowie XIX stulecia teren ten został zalesiony, dzięki staraniom radcy zdrowia w Prabutach Dr Krause.
Do dziś na terenie szpitala znajduje się budynek dawnej leśniczówki z pamiątkową tablicą z 1882 r. opisującą w języku niemieckim ten czyn. Na początku XX wieku dzięki miejscowym przedstawicielkom wyższych sfer, miejsce to zaczęto nazywać Doktorwald – Lasem Doktora.
W drugiej połowie lat 20–tych XX w., władze Niemiec postanowiły wybudować w prowincji Prusy Wschodnie nowoczesny zakład psychiatryczny. O ten przywilej zabiegały wszystkie miasta prowincji, w tym również Prabuty. W memoriale wydanym przez władze miasta w dniu 28 kwietnia 1927 roku. opisane są walory miasta: korzystny klimat, wysoki poziom rozwoju, niezbędne urządzenia użyteczności publicznej, rozwinięta baza oświatowa. Wspomniane jest też, że miasto nie otrzymało żadnej rekompensaty za zlikwidowanie garnizonu wojskowego, który stacjonował w mieście i przyczyniał się do poprawy sytuacji gospodarczej miasta, oraz likwidację wielu związanych z nim urzędów cywilnych.
W memoriale proponowane są trzy korzystne lokalizacje zakładu leczniczo–opiekuńczego na terenie miasta:
- dawny wojskowy plac ćwiczeń o powierzchni 500 morgów, graniczący na południowym zachodzie z lasem państwowym (1500 ha) i bezpośrednio z Jeziorem Zamkowym. Teren ten można powiększyć do tysiąca morgów. Jest oddalony o piętnaście minut drogi od dworca w Prabutach i o dziesięć minut drogi od dworca w Gontach.
- majątek Liebsee o powierzchni 700 morgów, leżący na południe od miasta przy szosie do Susza. Z dworca w Prabutach do Liebsee można dotrzeć w ciągu 10 minut.
- część majątku Grażymowo znajdująca się na południe od miasta, granicząca z lasami miejskimi. Również tu można oddać do dyspozycji 1000 morgów. Miejsce jest oddalone od Prabut o 20 minut drogi.
Dzięki staraniom i umiejętnościom negocjacyjnym ówczesnego burmistrza Eggerta wybór władz padł właśnie na Prabuty. Wybrano trzecią propozycję lokalizacji szpitala, prawdopodobnie ze względu na największy teren jak i korzystne położenie.
Budowa trwała w latach 1928–1932. Zakład posiadał miejsca dla 2000 pacjentów. Jego pełna nazwa brzmiała: Prowincjonalny zakład leczniczo–opiekuńczy dla osób umysłowo chorych. Pierwszym dyrektorem placówki został doktor Fahrenbruch.
W 1939 roku zakład został zlikwidowany. Pacjenci w cięższym stanie zostali zamordowani, lżej chorzy zostali przeniesieni do szpitala w Starogardzie Gdańskim, gdzie również większość z nich w następnych latach wymordowano.
Po rozpoczęciu II wojny światowej zakład zamieniono na lazaret dla żołnierzy niemieckich. Na przełomie 1939 i 1940 roku funkcjonował na terenie zakładu także obóz przejściowy dla ludności polskiej. Przebywało tu dużo rodzin polskich z Pelplina i Tczewa. Obiekt pełnił funkcję szpitala wojskowego do 1945 roku.
W 1945 roku Szpital tak jak i miasto zajęli żołnierze sowieccy. Prawdopodobnie leczono tam swoich żołnierzy.
W 1946 roku budynki przekazano władzom polskim.
W tymże roku podjęto decyzję odbudowy kompleksu budynków i założeniu tam Państwowego Sanatorium Przeciwgruźliczego. Przyczyniło się do tego powszechne rozprzestrzenienie na terenie całego kraju po II wojnie światowej gruźlicy. O założeniu placówki właśnie w tym miejscu zadecydowała po raz kolejny jego korzystna lokalizacja. Budynki posiadały własną oczyszczalnię ścieków, osiedle mieszkaniowe dla pracowników oraz odrębne od miejskich ujęcie wody. Odległość szpitala od miasta dostarczała chorym niezbędną izolację oraz ciszę i spokój. Pozwalała także przerwać łańcuch zakażeń, co jest jednym z podstawowych działań profilaktycznych.
Dyrektorem Sanatorium podczas budowy został lek. Józef Lewitt, a jego pierwszym administratorem Tadeusz Krokś. W tym okresie przybyli pierwsi pracownicy: Szymon Cudzewski, Filip Kisieliczyn, Henryk Świrydenko, Jan Pyka. Stanowili oni zaczątek kadry ówczesnego Sanatorium p/gruźliczego. Następnie pracę w zakładzie podjęli również:, Czesława Kroplewska, Jadwiga Adamska, Klemens Suwiński, Aleksander Rode.
Wstępny okres budowy był trudny i żmudny ze względu na braki w materiałach budowlanych i wyposażeniu wnętrz kompleksu. Jej zwieńczeniem było rozpoczęcie działalności w 1948 roku I i II pawilonu oraz pozyskanie pierwszych lekarzy, m.in.: Heleny Kulikowskiej, Krystyny Staweno, Anatolija Warejko, Jerzego Piotrowicza, Andrzeja Wiercińskiego, Otylii Witkowskiej i innych. Przybyły do pracy także pierwsze pielęgniarki, m.in.:, Krystyna Kątna, Zuzanna Łapka, Józefa Kłos, Łucja Nowak oraz pierwsza przełożona pielęgniarek Janina Daszuta. Funkcję dyrektora nowej placówki objął lek. Stanisław Frenkiel, który doprowadził do uruchomienia III i IV pawilonu szpitalnego.
W 1951 roku dyrektorem zakładu został Stefan Galusa, skuteczny organizator, lekarz i pedagog. Kierując placówką przez ponad 10 lat zorganizował działalność dwóch ostatnich pawilonów (V i VI), powołał do życia powiatową przychodnię przeciwgruźliczą, zmodernizował pracownię RTG i oddział torakochirurgiczny. Sanatorium liczyło wówczas 890 miejsc w 6-ciu pawilonach dostępnych dla pacjentów z całego kraju, kierowanych za pośrednictwem Wojewódzkich Przychodni Przeciwgruźliczych.
Wkrótce zaczęło przybywać coraz więcej fachowych pracowników, m.in. lekarzy: Barbara Czaplicka-Prokopska, Władysław Grzywacz, Regina Tyszkiewicz, mgr Irmina Grzywacz, oraz pielęgniarek:, Aleksandra Jankowska, Władysława Kacicka, Janina Sierżanowska, Maria Wilkowska, Celina Pytlarczyk, Janina Jastrzębska, Jadwiga Mikuła, Janina Prucnal, Marta Skrocka, Krystyna Kierepka.
Pierwszego zabiegu na tkance płucnej w nowouruchomionym oddziale torakochirurgicznym dokonał prof. Kazimierz Dębicki z Gdańskiej Akademii Medycznej wraz z zespołem operacyjnym tamtejszej Akademii. Stałym konsultantem przez wiele lat był adiunkt kliniki dr Tadeusz Wiszniewski. W Sanatorium działała także nowoczesna pracownia rentgenowska. Wykonywała ona prześwietlenia i zdjęcia tomograficzne, których liczba wynosiła około 12 tysięcy rocznie. Powstała też w 1954 r. apteka zakładowa w miejsce punktu aptecznego, która oprócz gotowych leków wytwarzała i dostarczała na oddziały leki recepturowe.
Zanim Sanatorium p/gruźlicze otrzymało transport samochodowy – niezbędny do przewożenia przybywających na oddziałach kuracjuszy, a także do dostarczania artykułów żywnościowych – posiadało konia i kryty wóz, który stanowił podstawowy środek transportu, a dla korzystających z leczenia pacjentów stanowił często jedną z atrakcji.
Po odejściu na emeryturę S. Galusy w 1962 r. dyrektorem zakładu został doc. Stanisław Mlekodaj, pełniący wcześniej obowiązki ordynatora oddziału torakochirurgicznego. Rocznie z leczenia korzystało 2,5 tys. kuracjuszy, z czego około 10% było poddawanych zabiegom operacyjnym głównie z powodu gruźlicy płuc. Wykonywano też w razie potrzeby inne zabiegi chirurgiczne chorym przebywającym na leczeniu. W Sanatorium powstaje brygada remontowo–budowlana, która wykonywała remonty nie tylko bieżące i kapitalne, ale również modernizowała oddziały, zbudowała parterowy pawilon szpitalny dla pielęgniarek, kawiarnie dla chorych, garaże i tuczarnie trzody.
W tym okresie przeniesiono laboratorium bakteriologiczne do poszerzonych pomieszczeń w pawilonie II. W 1967 roku zorganizowano i otwarto własną pracownię histopatologiczną, która pozwalała na znaczne skrócenia uzyskania wyniku badań. Po przejściu dyrektora Stanisława Mlekodaja do Instytutu Chirurgii w Gdańsku w 1970 roku, funkcję dyrektora pełnił przez rok lek. Władysław Grzywacz, przekazując następnie stanowisko doc. Mieczysławowi Juchniewiczowi.
W marcu 1972 roku dyrektorem Sanatorium zostaje lek. Aleksander Radecki – torakochirurg i zastępca ds. lecznictwa. W tym czasie w leczeniu gruźlicy płuc zachodzą istotne zmiany. W wyniku właściwie prowadzonej profilaktyki zmalała liczba chorych na gruźlicę, pojawiły się nieswoiste choroby płuc w postaci nowotworów układu oddechowego i przewlekłych bronchitów. Zaszła konieczność przekształcania oddziałów w pulmonologiczne. Zmienił się przekrój chorych korzystających ze świadczeń medycznych jak również metody leczenia.
Z istniejących oddziałów wyodrębniono oddziały specjalne:
• onkologiczny i odwykowego leczenia alkoholików ze współistniejąca gruźlicą,
• niewielki początkowo oddział chorób wewnętrznych.
Zmiany te wymagały poszerzenia profilu badań specjalistycznych i zatrudnienia większej liczby lekarzy, pielęgniarek i techników medycznych. Podjęto kolejne działania mające na celu modernizację zakładu, zwiększenie liczby sprzętu medycznego i bazy lokalowej.
Po reformie administracyjnej, gdy Szpital wchodzi w skład nowo utworzonego województwa elbląskiego, utworzono II oddział chorób wewnętrznych i poszerzono oddział chirurgii ogólnej dla ludności zamieszkałej na terenie ZOZ Kwidzyn.
Nagła śmierć w grudniu 1976 roku dyr. Radeckiego opóźnia wykonanie wielu powyższych działań. Nowym zwierzchnikiem Szpitala zostaje w lipcu 1977 roku dr Artur Metera. Po jego wyjeździe w październiku 1983 roku do Algierii, obowiązki dyrektora przejął Witold Musiałek pełniąc je do dnia swojej śmierci, tj. 7.12.1984 r.
Rok 1984 był trudny dla zakładu, gdyż kilka miesięcy wcześniej zmarł nagle wieloletni ordynator oddziału pulmonologicznego dla kobiet Stanisław Patyra, człowiek znany i szanowany przez chorych i darzony ogromnym zaufaniem (jedna z ulic na osiedlu przy Sanatorium nazwana jest jego nazwiskiem).
Od 5.01.1985 r. dyrektorem Sanatorium zostaje lek. Janusz Gorczyca – dotychczasowy szef OIOM-u i bloku operacyjnego. Po 1989 roku Szpital ulega różnym modyfikacjom i zmianom. W 1990 roku dyrektor zostaje odwołany. Po nim funkcję dyrektora pełniły następujące osoby: lek. Zbigniew Biesiekierski, mgr Ryszard Urbanowicz, Jan Rymarz.
Od 01.02.1993 roku na bazie Sanatorium powstał Specjalistyczny Pneumologiczny Zakład Opieki Zdrowotnej, obejmujący podstawową opieką zdrowotną mieszkańców gmin: Prabuty, Susz, Kisielice wraz z udzieleniem pomocy doraźnej (pogotowiem). Funkcjonowało tutaj w pełni 6 oddziałów: chorób płuc, torakochirurgii, intensywnej terapii, chirurgii ogólnej, ortopedii i oddział wewnętrzny wraz z tzw. intensywnym nadzorem kardiologicznym.
Rok 2000 przyniósł nowe zmiany w Szpitalu, nie tylko w funkcjach dyrektorów, lekarzy, specjalistów i pielęgniarek, ale również przekształcenia Specjalistycznego Pneumologicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej w Szpital Specjalistyczny w Prabutach.
Następuje spora rotacja na stanowisku dyrektora. Obejmują je kolejno: lek. Ewa Wysocka-Nowak, później lek. Barbara Przedwojska–Szwarc, a następnie Andrzej Kałużny, który zostaje odwołany w marcu 2006 roku. Obowiązki dyrektora przejmuje od kwietnia tegoż roku lek. Ewa Kundzicz–Korol. Na jej miejsce zostaje powołany w czerwcu 2006 roku mgr inż. Jan Szmiendowski, który pełni funkcję dyrektora Szpitala Specjalistycznego do końca stycznia 2008 roku. Od dnia 1 lutego 2008 roku funkcję dyrektora w szpitalu przejmuje lek. Wojciech Kowalczyk, który jest również dyrektorem szpitala w Kwidzynie, a 2 miesiące później zastępuje go mgr Paweł Chodyniak.
Od września 2012 roku szpital został przekształcony w spółkę prawa handlowego.
Opracował – Piotr Pilewski