Pracownie endoskopowe znajdują się w Pawilonie I na drugim półpiętrze skrzydła budynku (windą poziom 4).

W pracowni endoskopowej pracują:

Grzegorz Czarnogórski – lekarz specjalista chirurgii ogólnej, dyplom umiejętności z endoskopii przewodu pokarmowego
oraz pielęgniarki: 

• Żaneta Muzolf
• Alicja Rymarz
• Iwona Sobucka
• Hanna Prusik
• Hanna Simińska
• Natalia Borowska
• Oliwia Labens

Wykonuje się tutaj następujące badania: 

• Bronchofiberoskopie diagnostyczne i zabiegowe,
• Gastrofiberoskopie diagnostyczne i zabiegowe,
• Kolonofiberoskopie diagnostyczne i zabiegowe,
• Rektoskopie diagnostyczne i zabiegowe,
• BAC (biopsja cienkoigłowa).

Głównym celem jest wszechstronna diagnostyka endoskopowa.
Pracownie korzystają z najnowocześniejszego sprzętu: wideokolonoskopów, wideogastrofiberoskopów oraz wideobronchoskopów, w których wykorzystuje się metody endoskopowe w tym:
 – autofluorescencję (AFI, autofluorescence imaging) – polega na poddaniu odpowiedniego obszaru drzewa oskrzelowego działaniu promieniowania laserowego długości fali 442 nm
 – obrazowanie w wąskim paśmie światła (NBI, narrow band imaging) jest to technika uzyskiwania obrazu endoskopowego o wysokim kontraście powierzchni błony śluzowej oraz drobnych naczyń błony podśluzowej, co pozwala na dokładne uwidocznienie struktury powierzchni śluzówki i powierzchniowych naczyń włosowatych
 – wewnątrzoskrzelową ultrasonografię (EBUS, endobronchial ultrasonography), która w znaczący sposób zmieniła możliwości pozyskiwania materiału dla diagnostyki chorób przebiegających z powiększeniem węzłów chłonnych śródpiersia oraz do monitorowania leczenia raka płuca.Sprzęt ten w znaczący sposób ułatwia diagnostykę chorób nowotworowych oraz innych chorób płuc.